Для начала определимся, что мы будем понимать под кулером - это система охлаждения. В большинстве случаев так говорят о процессорном кулере или процессорной системе охлаждения. 

Типы систем охлаждения

Различают две основные группы систем охлаждения для процессоров. Жидкостные и воздушные. Мы будем говорить о воздушных. Разберём вертикальный или башенные кулеры и горизонтальные кулеры или кулеры, у которых поток с вентилятора направлен в сторону материнской платы.

Расположение кулера

При расположении кулера может возникнуть достаточно много нюансов и они не в последнюю очередь зависят от нескольких факторов:

1) Корпус. Сам корпус влияет как на используемые системы охлаждения, так и на температуры компонентов внутри него. 

2) Мощности видеокарты. На данный момент самым крупным по величине выделяемой энергии является видеокарта, если не говорить о мощных процессорах, например, Threadripper 3990x и видеокартах по типу GeForce 710. Как это влияет на расположение процессорного кулера? Об этом немного позже.

3) Оперативная память. Бывают случаи, что используемая система охлаждения в одном из положений не позволяет установить оперативную память или же негативно влияет на охлаждение памяти.

4) Конструкция системы охлаждения. Мы будем говорить больше о конструкции в связи с тем, что так немного проще рассказать о факторах, которые описаны выше. Кроме этого мы будем обращать внимание на основание системы охлаждения по причине, описанной в одном из ответов здесь.

В целом движение воздушных потоков достаточно сложная вещь и в каждом корпусе могут быть свои нюансы, но мы постараемся рассмотреть основные из них.

Горизонтальные кулеры

Рассмотрим стоковые кулеры для процессоров AMD и Intel. В большинстве случаев они имеют простой дизайн и не имеют трудностей с установкой. Кроме этого они используются в мультимедийных и рабочих системах, где используется не самый производительный процессор и нет необходимости в мощной системе охлаждения. В целом нет особой разницы в расположении такого типа кулера, но если есть желание попытаться побороться за пару градусов температуры процессора, то лучше расположить исходя из основания кулера и теплораспределительной пластины процессора. Если кулер с ровным основанием, то устанавливаем любым удобным положением, если имеется выпуклость, то так, чтобы радиатор, при установке сверху, не шатался на процессоре, если такое будет возможно в силу ровности двух поверхностей. Конечно есть вариант попробовать от 2 до 4 вариантов установке с шагом в 90 или 180 градусов, но для этого понадобится больший объем термопасты, что не имеет особого смысла. Почему 4 варианта? К сожалению, кривизна основания кулера или процессора может быть неоднородной и сложно сказать в каком из положений охлаждение будет наиболее эффективным. На таких кулерах вентилятор располагаем так, чтобы он дул в сторону материнской платы. Обычно он по умолчанию уже установлен как необходимо.

Есть более интересные решения с тепловыми трубками. Одно из них изображено ниже. Здесь всё обстоит немного сложнее. 

Радиатор вынесен на тепловых трубках, при этом он немного смещён относительно своего основания. Здесь большую роль играет высота модулей оперативной памяти, близость слота PCI-E видеокарты к сокету процессора, размеры корпуса и близость корпусных вентиляторов. Как можно увидеть ниже кулер допускает установку в нескольких вариантах вентилятора. Мы будем рассматривать вариант, который изображён по центру, как наиболее оптимальный практически для любых конфигураций. Если же у нас в арсенале будет миниатюрный корпус, то только вариант, который изображён крайним правым. Направление потока вентилятора на материнскую плату. В случае с мини корпусами возможен вариант установки с потоком от материнской платы, если на корпусе вентилятор расположен на выдув.

Перед нами также стоит выбор бороться ли нам за несколько градусов на процессоре путём разного размещения кулера или нет. В данном случае нам доступно 3 вариантов установки. Один вариант блокируется видеокартой, если же в системе отсутствует видеокарта и процессор имеет встроенную графику, то вариантов остаётся 4. На изображённом варианте оперативная память дополнительно обдувается процессорным кулером. Кроме этого если в наличии есть оперативная память с высокими радиаторами, то вариант снизу также не подойдет.

Для этого можно развернуть радиатор в другую сторону. Как на фотографии ниже. В таком случае у нас есть свободный доступ к снятию оперативной памяти и она не будет обдуваться горячим воздухом с процессора (это будет критично в случае разгона оперативной памяти или в плохо продуваемом корпусе), если конечно процессор выделяет большое количество тепла.

Последний вариантом установки будет расположение тепловых трубок (на изображении выше направлены к оперативной памяти) в сторону видеокарты, при условии, если в корпусе достаточно места над материнской платой. 

Как вы могли убедиться конструкция кулера, оперативная память, видеокарта и размеры корпуса влияют на установку процессорного кулера. 

Вертикальные кулеры

Теперь рассмотрим вертикальные кулеры или же башенные кулеры. Снизу один из простых примеров таких кулеров. В данном случае есть также свои особенности. Посмотрим на конструкцию радиатора и крепления вентилятора. Радиатор практически симметричный, что позволяет нам установить вентилятор на любую из сторон. радиатор не смещён и не будет мешать чему-либо в корпусе. Тем самым мы имеем возможность найти наилучшее положение для получение более низких температур. 

Перейдём к самим вариантам. Самый оптимальный и эффективный вариант при обычном корпусе изображён ниже. Направление потока справа-налево. В таком положении при первоначальной установке мы можем установить радиатор как есть сейчас или развернуть радиатор на 180 градусов, при этом вентилятор будет оставаться в одном и том же месте. Это может помочь при условии, если основание кулера достаточно неравномерное и в каких-то случаях улучшить или ухудшить температуры на процессоре, смотря какой вариант был лучше.

Хорошо, а если мы поставим вентилятор слева с сохранением потока? Такой вариант тоже может использоваться в случае если вентилятор мешает установке оперативной памяти и нет возможности его приподнять немного вверх относительно радиатора. В остальных случаях это даёт чуть меньшую эффективность по сравнению с установкой справа. Теперь мы также ставим вентилятор слева, но поток меняем слева-направо, при этом разворачиваем задний вентилятор на корпусе, чтобы он начинал не выдувать, а вдувать воздух в корпус слева направо, иначе расположение двух вентиляторов рядом в два разных направления будет создавать "борьбу за первенство" и некоторый "вакуум", что создаст завихрения в корпусе и только увеличит температуру на процессоре. Такой вариант с расположением двух кулеров с потоком слева направо может помочь в случае, если передняя часть компьютера не продувается, зато задней части достаточно места. При этом если на передней части есть вентиляторы, то их необходимо развернуть на выдув, тем самым мы кардинально разворачиваем движение потоков в корпусе.

Перейдём к следующему варианту, как изображён снизу. Такой вариант тоже имеет место быть, при этом мы также имеем возможность повернуть радиатор на 180 градусов или оставить на месте в зависимости от ровности основания кулера для небольшого снижения температур. При таком расположении кулеров с потоком снизу-вверх, мы получаем снижение температур на видеокарте, но увеличение на процессоре. Если же на процессоре нет запаса по температур, то от такого варианта лучше отказаться. Конечно в варианте выше на температуры процессора будет влиять видеокарта и это возможно исправить корпусными вентиляторами. Примеры можно посмотреть здесь.

Предположим, что мы развернём кулеры сверху-вниз. Такой вариант обычно не рекомендуется, только в крайнем случае, если сверху вентилятор с потоком сверху-вниз. При этом учтите, что с точки зрения физики холодный воздух в помещении всегда находятся снизу, а тёплый сверху, поэтому такое расположение имеет смысл, если это оправдано и даёт эффект. Кроме этого возможен дополнительный нагрев видеокарты и потоки от видеокарты будут сталкиваться с потоками от процессорного кулера, что создаст дополнительные завихрения и может ухудшить охлаждение в корпусе.

При установке больших башенных кулеров, как например снизу и наличии видеокарты мы обычно ограничены двумя вариантами: разворот радиатора на 180 градусов и разворот вентиляторов также на 180 градусов, другие положения зачастую невозможны из за габаритных размеров самого кулера. При этом как вы можете видеть передний вентилятор перекрывает оперативную память и он поднят немного вверх иначе отсутствует возможность его установки. Кроме этого увеличивается "вылет" кулера. На эффективность это никак не влияет, но с выбором корпуса будьте внимательны. В данном случае также изображён оптимальный вариант для установки данного башенного кулера.