При подключении вентилятора через molex он подключается к блоку питания. В случае подключения 3-pin вентиляторов - к материнской плате. В материнской плате присутствует специальный контроллер, который управляет вентиляторами посредством управления напряжением или ШИМ-сигналом. В блоке питания также используются контроллеры, но они не предназначены для управления напряжением на molex разъёме. Кроме этого в molex разъёме отсутствует ШИМ-сигнал. Как можно видеть снизу в наличии только +12 В, земля, земля и +5 В.