Подключать 3-pin вентиляторы к 4-pin разъёму и наоборот - можно.

На картинке ниже обратите внимание на трёхпроводные и четырёхпроводные разъемы и их контакты.

Также обратите внимание на положение ключа, который изображён снизу. Ключ сделан специально для того, чтобы невозможно было вставить разъём иначе. Если разъём легко не вставляется, значит вы ставите его обратной стороной. Разница между 3-pin и 4-pin в управлении числом оборотов посредством ШИМ-сигнала. 

Если ставим 3-pin в 4-pin колодку, то один контакт остаётся незадействованным на разъёме материнской платы (тот, который находится сбоку от ключа разъёма материнской платы), при этом есть возможность управлять вентилятором посредством регулировки напряжением материнской платы (DC, если поддерживается).

Если ставим 4-pin в 3-pin колодку, то разъём вентилятора будет немного шире колодки, при этом управлением посредством ШИМ-сигнала будет не задействовано, но при этом доступно управление напряжением, как и в случае выше.